盈盈一水间，海峡两岸血脉相连的文化源流，把厦门市台湾艺术研究所推到了两岸文化交流的前沿。1986年由文化部批准成立的厦门市台湾艺术研究室，1987年6月在原厦门市文化局剧目创作室的基础上，扩大编制，正式成立，1993年改为“厦门市台湾艺术研究所”。

    20年来，研究所承担着开展对台文化艺术研究和两岸文化艺术交流的重任，先后开展了海峡两岸 “歌仔戏艺术”“高甲戏艺术”“南音艺术”“戏曲舞台美术”“民间表演艺术”“民俗活动”和“台湾文化艺术发展现状”“闽南文化”等方面的研究。出版了《歌仔戏史》《歌仔戏音乐》《歌仔戏资料汇编》《歌仔戏论文集》《一代宗师邵江海》《台湾文化概述》《闽台民间戏曲散论》《百年坎坷歌仔戏》《闽台民间戏曲的传承与变迁》《厦门戏曲》《厦门民俗》《厦门掌故》《台湾文化发展概况》《美丽宝岛台湾》、《歌仔戏的生存与发展》《闽南民间艺术散论》《海峡两岸歌仔戏图片集》《邵江海歌仔戏剧本精选》《纪抬治歌仔戏唱腔选》《高甲戏传统音乐》《南音指套精选词文赏析》等专著。

    先后举办了被大陆媒体称之为“零的突破”的“首届台湾艺术研讨会”，以及“海峡两岸歌仔戏艺术节”“海峡两岸民间艺术节”“海峡两岸南音展演”“闽台地方戏曲研讨会”“闽台音乐研讨会”“闽台民俗研讨会”“海峡两岸南音研讨会”“海峡两岸戏曲舞美研讨会”等两岸艺术交流活动。与台湾传统艺术中心、台湾戏曲学院、台北艺术大学、台湾中华民俗艺术基金会、廖琼枝歌仔戏文教基金会等相关学术机构以及表演团体建立了良好的关系。与台湾相关单位合作举办了歌仔戏等在海峡两岸影响较大学术交流活动。

    理论研究与舞台实践相结合是厦门市台湾研究所区别于其他研究机构的特点之一。研究所下设剧目创作室和舞台美术工作室，承担着策划、组织、推动、指导、引领厦门市艺术创作和艺术发展的重任，承担着厦门市戏剧创作和重大艺术活动的创作任务。歌剧《阿美姑娘》，歌仔戏《邵江海》《羯鼓汉箫》《心灯》《窦娥冤》，高甲戏《金刀会》《上官婉娥》《阿搭嫂》，南音《南音魂》《长恨歌》《厦门金门门对门》《浔阳江头》，小剧场话剧《日子》，实验戏曲《孟姜女哭长城》等，在海峡两岸产生了较大的影响，曾荣获 “文华大奖”“文华新剧目奖”“文华编剧奖”“文华舞美奖”“五个一工程奖“（优秀作品奖）“中国戏剧节优秀剧目奖”“牡丹奖”“中国戏剧奖·曹禺剧本奖”“中国舞美展大奖”“中国戏曲学会奖”等国家级重要奖项。参与组织策划、创作制作《鼓浪屿之波》《海疆雄风》《人民的儿子——纪念邓小平高诞辰一百周年文艺晚会》“第四届合唱节”等厦门市重大艺术演出活动。

    积极推动闽南文化研究和推广工作。闽南文化研究所和闽南文化研究会团结了一大批闽南文化工作者，以传承、保护、研究、宣传和交流闽南文化为宗旨，开展各项研究和扩展工作，在海峡两岸产生了较大的影响。出版了《闽南文化研究》（期刊）《闽歌甲集》《台湾情歌选》《渡江书十五音》《闽南文化研究丛书》等研究书刊。组织了“海峡两岸闽南文化学术研讨会”“闽南文化论坛”“闽南文化进校园”“闽南语歌曲大奖赛”等系列活动。